附睾结核的诊断一般无困难，如有典型的附睾硬结、皮肤粘连、窦道及串珠样输精管病变，诊断当可确定。但早期和急性发作的附睾结核易误诊。早期附睾结核应与慢性附睾炎鉴别，慢性附睾炎疼痛较明显，常有急性发作及反复发作史，附睾肿块不如结核硬、大，很少形成局限性硬结，不形成窦道，亦无皮肤粘连及输精管串珠样改变。淋菌性附睾炎有淋球菌感染史，发病较急，局部红、肿、热、痛，尿道内有脓性分泌物，其中可查到细胞内革兰阴性双球菌，尿道分泌物通过多聚酶链反应(PCR）可查到淋球菌特有的氨基酸序列。衣原体所致附睾炎也可引起类似淋菌性急性附睾炎，患者有非淋病性尿道炎史，尿道内分泌物多较稀薄呈白色。阴囊内丝虫病有时可与结核性附睾炎混淆，丝虫病所引起的浸润和硬结在附睾附近的精索内，与附睾可分开，丝虫病硬结往往在短期内有较大的改变，而结核病则改变很慢，丝虫病有地区性，患者可同时有橡皮肿及乳糜性鞘膜积液。正常的附睾有时被误诊为附睾结核，附睾头及尾部稍大或稍硬属正常现象，如果没有浸润或硬结，不能确定诊断，可随诊观察。