光镜下早期病变可见附睾小管内含有脱落的上皮细胞。白细胞及大量的结核杆菌，继之出现小管坏死，形成肉芽肿、干酪样变及纤维化。偶可于附睾内见到精子肉芽肿。血行播散时，病变先位于附睾间质内，可见多个粟粒样微小的肉芽肿，然后侵犯附睾管。附睾内的干酪样变很快蔓延到附睾之外，与阴囊粘连，形成冷脓肿，经久不愈。
　　临床上最明显的男性生殖系结核是附睾结核，从病理检查的结果来看，最常发生的部位是前列腺，附睾结核的原发灶可能在前列腺，附睾尾部的结核，一向认为是经前列腺、输精管逆行感染所致，血行播散的可能性也很大。有时附睾结核为患者唯一的症状，泌尿系造影检查和尿结核菌培养均为阴性，而附睾病变及窦道中可培养出结核杆菌。故附睾结核究竟是来自泌尿生殖系结核还是主要由原发感染经血行播散引起，还存在争论，二者均可引起，但以何者为主，尚待进一步研究。
　　临床表现：
　　附睾结核一般发展缓慢，附睾逐渐肿大，无明显疼痛，肿大的附睾可与阴囊粘连形成寒性脓肿，如寒性脓肿继发感染，则局部红肿热痛，脓肿破溃流出版液及干酷样坏死物质后，形成窦道。个别患者起病急骤、高烧、疼痛、阴囊迅速增大，类似急性附睾炎，待炎症消退后，留下硬结、皮肤粘连、阴囊窦道。附睾结核的压痛多不明显，严重者附睾、睾丸分界不清，输精管增粗，呈串珠状，偶见少量鞘膜积液，直肠指诊时，前列腺有硬结。