病因尚未明了，有学者认为骨囊肿是由于骨内血管末梢阻塞，血液瘀滞所致；也有认为骨囊肿系某种肿瘤、炎症组织的退行性变，其生长、代谢阻碍的结果或与骨发育异常有关；也有认为可能系外伤出血形成局限性包囊，进而局部吸收骨化而成。