现代医学认为，舌下囊肿的发病机理是由于导管阻塞后唾液潴留使导管或腺泡破裂，分泌液向外渗出所致。祖国医学认为，因心脾蕴热，痰湿凝结，致邪热上熏于口舌，热盛阴伤，气血俱燔，热毒壅结而形成。多并发于温热病之中，继发于病后之时，延误诊治者多预后不良。