最常见的（约90%左右）消化道症状为食道功能障碍，表现有吞咽困难，吞咽时胸骨后疼痛或胀闷感，饮冰水后上述症状更为突出（食道雷诺现象）。如果食管有炎症，可出现胸骨后灼热感。至疾病后期，因食管出现狭窄，吞咽更加困难，且常伴有呕吐。
　　在消化系统中胃很少受侵犯，但肠道常常受累。肠道被累及后常出现腹胀、腹痛、腹泻或便泌与腹泻交替出现。由于十二指肠和空肠扩张与运动不良，有利于微生物繁殖，胆盐分解增加，易发生脂肪泻。少数患者可出现肠绞痛或肠梗阻等急腹症的表现。