百日咳整个病程可分三个阶段：

　　1．炎症期（此期约历时7～10天，此期的传染性最强）：此期的症状与一般的伤风咳嗽无大差别，若无明显的百日咳接触史，不易想到此病。最早的症状就是咳嗽，偶见打喷嚏和轻微发热。一般感冒症状与低热三天内即见消退，但咳嗽却逐渐加重，并逐渐出现阵发性痉挛性咳嗽。
　　炎症期的治疗法则是宣肺祛邪。

　　2．痉咳期（此期约历时2～6周）：咳嗽逐渐加重，一发作即出现成串的紧接不断的咳嗽，连续到十几声以至数十声后，发出一种特殊的高音调的、很象火鸡叫或鸟啼的声音。一连串紧促的咳嗽跟着来一下长出气，如此反复循环。而且一次比一次加剧，直到呼吸道积聚的痰沫一冲而出为止。胃内容物经常同时吐出。经过一次发作，常能安静一段时间，隔几分钟以至数小时。再次发作。发作前一般无明显预兆。一些外因，如进食、周围空气骤变、尘土的吸入、烟熏、过分疲劳、情绪激动等都有引起发作的可能。
　　痉咳期的治疗法则是清肺，止咳，化痰。
 
　　3．恢复期：咳嗽逐渐减轻，次数减少；吼声消失，但咳而无力，气短声弱，或易出汗、口渴、潮热，舌质红（此期约历时2-3周）。
　　恢复期的治疗法则：滋阴养肺。