高热，寒战，体温多在38℃～39℃，也可高达40℃，热型不一，一般呈弛张型，也可呈间歇或稽留型，伴头痛，全身酸痛，热退时可有大汗等。
患者有腰痛，多为钝痛或酸痛，程度不一，少数有腹部绞痛，沿输尿管向膀胱方向放射；体检时在上输尿管点（腹直肌外缘与脐平线交叉点）或肋腰点（腰大肌外缘与十二肋交叉点）有压痛，肾区叩痛阳性，患者常有尿频、尿急、尿痛等膀胱刺激症状，在上行性感染时，可先于全身症状出现。
可有食欲不振、恶心、呕吐，个别患者可有中上腹或全腹疼痛。
儿童患者的泌尿系症状常不明显，起病时除高热等全身症状外，常有惊厥，抽搐发作，2岁以下小儿可出现发热，呕吐，非特异性的腹部不适或不好动。
