现代医学对肛门直肠神经官能症的发病机理尚未阐明，但认为精神因素在发病上起着重要的作用，精神创伤，疑病恐癌，局部疼痛刺激，医源性因素（诊断治疗方面有失误）等等，均可引起大脑功能暂时失去平衡，植物神经功能紊乱，周围神经反射受到阻碍，肛门直肠神经活动失调而发病。