恶性肿瘤、糖尿症、甲状腺机能亢进症、肾炎、肝炎、外伤、烧伤、休克、极度营养不良症重症患者，虚弱的老年人和早产儿，由于机体抵抗力降低，容易引起菌群失调症。放射线、免疫抑制剂、激素、抗菌素等使用不当，也容易导致菌群失调症。先天性免疫防御机能缺陷疾患，如慢性肉芽肿、色素缺乏易感性增高综合症、髓过氧化酶缺乏症、补体缺乏症。无丙种球蛋白症、先天性胸腺发育不良综合征、共济失调毛细血管扩张症等都可引起肠道菌群失调症。