亚急性甲状腺炎整个病程可分为三期：
　　初期：突然发病，有畏寒、发热、咽喉肿痛等上呼吸道感染症状，最富特征的表现是甲状腺肿痛。一侧先发病，然后发展到另一侧，此消彼长，始终局限于一侧。疼痛呈放射痛、触痛、自觉痛。病灶坚硬，附近淋巴结不肿大。
　　中期：疲乏无力，面色苍白，嗜睡，畏寒喜暖，浮肿。
　　恢复期：病情逐渐好转，少数患者甲状腺可遗留小结节，需较长时间慢慢吸收。